Les greffes de poumons sont indiquées dans trois circonstances principales : la mucoviscidose, la fibrose pulmonaire (d'origine immunologique, toxique ou médicamenteuse) et enfin les maladies obstructives des voies aériennes dues le plus souvent au tabagisme. Elles comptent chacune pour un tiers des indications.

Certaines maladies rares comme l'hypertension artérielle pulmonaire (HTAP) nécessitent la greffe d'un bloc «cœur-poumons». Ces greffes ont concerné 7 personnes en 2020.