L'introduction dans l'organisme d'un organe qui n'a pas la même carte d'identité génétique que la nôtre est immédiatement perçue comme une agression. Il déclenche une réaction de type immunitaire, comme s'il s'agissait d'un corps étranger. C'est le phénomène de rejet.

Il existe deux types de rejet :

• Le rejet aigu, qui correspond à la réponse immunitaire décrite ci-dessus ;
• Le rejet chronique, ou maladie chronique du greffon, qui apparaît plusieurs années après la greffe. Il combine des phénomènes immunitaires à d'autres causes d'altération du greffon.

Le rejet est un risque permanent, il doit être contré par des médicaments durant toute la vie de la personne greffée.