On utilise pour cela des médicaments dits « immunosuppresseurs ».

Chaque patient greffé se voit administrer un traitement combinant plusieurs molécules avec différents modes d'action, qui conditionne sa survie et sa qualité de vie. La combinaison médicamenteuse est adaptée en fonction du type de greffe, de l'état du patient et de sa tolérance aux médicaments. De plus en plus efficaces et maîtrisés, les traitements immunosuppresseurs ont des effets indésirables. Ils ont notamment l'inconvénient de rendre l'organisme plus vulnérable aux maladies infectieuses (virales, bactériennes, fongiques) et aux tumeurs cancéreuses.

L'adaptation du traitement année après année et la lutte contre les pathologies opportunistes astreignent chaque personne greffée à un suivi médical à vie.